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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿机模式里常考的常见疾病其一。肾组织机构中CaOx结晶体过趋于稳定磨合会导至肾小管细胞膜伤害和凋亡,然而导至肾结石的建成。短链人体蛋白质酸由肠胃内生物滤池有害菌食物发酵饮食植物纤维导致,除了在部分肠胃天然屏障中激发反应,又很在机模式水平面上也激发要点反应。之中,丁酸是最多的短链人体蛋白质酸,具消除炎症和免疫检测仰制反应,本探究浅析丁酸对CaOx肾结石的反应以及其未知靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山门诊泌尿产科吴忠教援、周子健硕士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠院士、周子健医生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生态学与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网络上药学学服务的,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

一篇文章称谓:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 朋友公司的:华山医院口腔科 的研究目标:大鼠、HK-2血细胞 分组名的信息:参考组(Con)、建模方法组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱提拱技术设备:wifi网络药理学学检侧

方法程序流程图图

探析没想到

调查探讨成员关键在于引入大鼠实体对3d模型,依据生理方面生化学指标英文和企业方面的问题学上色等调查探讨法律手段发现了丁酸能以减少CaOx实体对3d模型大鼠肾CaOx结晶的达成和拉伤,调节CaOx实体对3d模型大鼠的疾病拉伤和腐蚀化合物的过度的表答。与此同时,丁酸还可治理和改善草酸诱骗的HK-2人体受损细胞拉伤、腐蚀应激反应和人体受损细胞凋亡。 为探求丁酸构造类型和靶表观遗传线上,实验者从PubChem收集丁酸和丁酸酯的二维和3d构造类型(图1A)。凭借PharmMapper数据统计报告显示库和Uniprot数据统计报告显示库净化处理后共选择出11七个丁酸靶表观遗传供进三步概述。将表观遗传列表页导出STRING数据统计报告显示库,实行PPI线上概述。Cytoscape总结出了去重复的前20的核心靶表观遗传的详实线上图,收录CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这类核心表观遗传与线上中的其他表观遗传均行为出必须的涉及到的性,情况说明这类表观遗传或许利用用着协使用。GO和KEGG概述论述了丁酸核心表观遗传的涉及到的前提条件和菌物体学特点(图1C)。核心表观遗传基本与类固醇雄激素药对答、钝化物应激生理反应的反馈对答、亲水性氧内部对类固醇雄激素药刺击的的反馈及其对呈酸性菌物学产物的的反馈关于 。上述讲到根据上述,这类核心表观遗传基本陆续参与了钝化物应激生理反应的反馈和对亲水性氧的菌物体的反馈步骤,是肾结石产生逻辑中至关决定性的前提条件,这证明丁酸或许在肾结石中利用用决定性用。

图1| 丁酸型式与靶什么是基因网介绍(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进的一步深入实验丁酸对CaOx肾结石更何况切靶DNA遗传组,实验工作人运用GEO大数据源库对GSE73680中身心健康参考与CaOx肾结石用户的DNA遗传组不同开始了实验。参考组与CaOx结石用户的显著性性性不同展现DNA遗传组(DEGs)选择的标准为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共选择到3783个DNA遗传组有显著性性转变,但其中3379个(89.4%)DNA遗传组展现上涨,404个(10.6%)DNA遗传组展现再降(图2A)。对DEGs开始聚类分析法解析解析,热图表现了前10个被选中DEGs的二维层次分割聚类分析法解析结构特征(图2B)。己经,实验工作人能够 GeneCards大数据源库人工工资鉴定会了370个几率与CaOx肾结石各种关联的DNA遗传组,排名第一前20位的分析DNA遗传组简答各种关联性评级图甲2C图示。为了更好地找丁酸医疗CaOx肾结石的关键性靶点,实验工作人将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石各种关联DNA遗传组工作得以好几回个Venn图。以后,CYP2C9被判别为丁酸引响CaOx肾结石的潜在的靶点(图2D)。除此以外,实验工作人还开始了丁酸与CYP2C9的分子式衔接,CYP2C9的以下三个酪氨酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸互相效果,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在运用微信网络临床药理学分析CYP2C9是丁酸影响到CaOx肾结石的靶DNA后,研发人士还按照血血细胞实验设计声明了CYP2C9可降低草酸诱导型的HK-2血血细胞的ROS技术水平、慢性炎症拉伤和凋亡。

图2| 绝大部分据库联合技术数据分析精准预测CYP2C9是丁酸使用于CaOx肾结石的靶基因遗传

研究分析数据

本设计先感觉丁酸在自身和自身均能可以抑止CaOx肾结石模型工具的硫化的应激反应反应和发炎问题,很快完成微信wifi网络临床药理学学选择赢得丁酸反应CaOx肾结石的不确定性靶点——CYP2C9,后完成生殖细胞膜科学实验核实CYP2C9在草酸盐诱导型的HK-2生殖细胞膜ROS层次、发炎问题和凋亡。他们感觉取决于丁酸也许 完成可以抑止CYP2C9来可以抑止CaOx肾结石的硫化的应激反应反应,改善发炎问题。相应全过程中拜谱动物供给了微信wifi网络临床药理学学科技企业产品,与此同时拜谱动物可增加稳重完美的人类基因组学、血清质组学、排泄组学等几组学企业产品及科技企业产品,欢迎图片拨通咨讯! 基准专著:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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